《敢夢想飛——Young life召命導航手冊》
為青少年寫下尋找召命的小書，焦點在於「聆聽」內在的聲音，以及從神而來的聲音。

《從未遇上的父親》
訴說了自己成長的故事，其中不少篇幅描述與父親的關係；也按聖經引導，分享如何親近天父。

《植根香港》
蔡醫從3歲便隨父母「逃難」到港，從此香港成為他一生成長之地，他也愛上這個城市，同時不敢忽視其中的幽暗角落。在九七回歸期間，蔡醫寫下了這本《植根香港》，表白了他和「突破」的心願；與留居香港的青少年與香港人，尋找如何為這「不知明天如何」的城市，一同貢獻自己的力量！

《紮根永恆》（合著）
這本書講述一些「紮根永恆」的真實生命故事。藉此書希望新一代的青少年不要忘記自己有一個容易被遺忘的「永恆」身分：是神所創造基督所救贖的「天父兒女」。

《繁忙人的屬靈操練》
蔡醫將在這趟屬靈操練之旅所領會到的整理後，決定要有更多的禱告操練，並與同工在機構內的小組每週一同靈修，寫下一些靈修指引，結集成12本小冊子。

《生命影響生命》
這本書將《聖經》中的跨代同行故事寫下來。作為青少年工作者，不能單靠專業知識和技巧；最重要的是以真實的生命影響青少年的生命，在神的愛中同行。

《與恩師的10堂課——我的路》
這是一本談「為徒的學問」的書。蔡醫將他的恩師觸動其生命的經歷寫下來，再將所學習的總結為10個主題；並從《聖經》尋找這些不同向度成長的真理根基。

《一個都不能少——再思青少年的成長與牧養》
寫下青少年成長中遭遇苦難的原因，及與他們同行的經歷，並從《聖經》人物的生命旅程中，尋求啟迪，講述如何與苦難中的青少年同行。

《牧養新世代》 （與謝文策合著）
「1+4」培育課程為期3年，之後再有3年跟進工作，期間取得寶貴的培訓經驗及一些可見的成效，將累積的珍貴經驗整理成書。

《我看見神的作為—蔡元雲醫生的13680個日與夜》
回顧過去40年事奉的路，如何經歷與神及同工同行，充滿感恩。書中記錄了神奇妙的作為：賜異象、招聚同心的同工和義工，供應所需的資源。並且藉着聖靈和神的話，得見青少年在基督裡生命更新，並且與羣體同行共創青少年不一樣的文化——是神的恩典與榮耀在人的軟弱中彰顯出來。